Disk1

1. ＮＥＯＧＥＯ　ＳＯＵＮＤ　ＬＯＧＯ　（ＮＥＯＧＥＯ版）
2. ＴＩＴＬＥ
3. ＣＲＥＤＩＴ
4. ＴＨＥ　ＭＩＬＩＴＡＲＹ　ＳＹＳＴＥＭ　－Ｘ－　（操作説明、ランキング）
5. ＢＡＲＲＡＣＫＳ　－Ｘ－　（キャラクターセレクト）
6. ＪＵＤＧＭＥＮＴ　－Ｘ－　（ステージ１－１）
7. ＳＴＥＥＬ　ＢＥＡＳＴ　６ＢＥＥＴＳ　－Ｘ－　（ボステーマＡ）
8. ＣＡＲＲＹ　ＯＵＴ　－Ｘ－　（ステージクリア）
9. ＰＲＥＨＩＳＴＯＲＩＣ　ＳＩＴＥ　－Ｘ－　（ステージ２－１）
10. ＴＨＥ　ＣＥＮＯＴＡＰＨ　－Ｘ－　（ステージ２－３）
11. ＦＩＲＳＴ　ＣＯＮＴＡＣＴ　－Ｘ－　（ボステーマＢ、ステージ６－２）
12. ＬＩＶＩＮ　ＯＮ　ＴＨＥ　ＤＥＣＫ　－Ｘ－　（ステージ３－１）
13. ＡＳＳＡＵＬＴ　ＴＨＥＭＥ　－Ｘ－　（ボステーマＣ、ステージ６－１）
14. ＢＡＣＫ　ＴＯ　ＴＨＥ　ＣＨＩＮＡ　－Ｘ－　（ステージ４－１）
15. ＮＥＷ　ＧＯＤＯＫＩＮ　ＳＴＲＥＥＴ　－Ｘ－　（ステージ５－１）
16. ＫＩＳＳ　ＩＮ　ＴＨＥ　ＤＡＲＫ　－Ｘ－　（ステージ５－２）
17. ＭＥＴＡＭＯＲＰＨＯＳＩＳ　－Ｘ－　（ステージ５－３）
18. ＦＩＮＡＬ　ＡＴＴＡＣＫ　－Ｘ－　（ステージ６－３）
19. ＥＮＤ　ＴＩＴＬＥ　ＡＧＡＩＮ　－Ｘ－　（最終演出）
20. ＭＳ＿Ｘ　ＥＮＤＩＮＧ　（エンドクレジット）
21. ＧＲＡＶＥＳＴＯＮＥ　－Ｘ－　（ゲームオーバー）
22. ＮＥＯＧＥＯ　ＳＯＵＮＤ　ＬＯＧＯ　（ＮＥＯＧＥＯ版）　（メタルスラッグ３より）
23. ＣＲＥＤＩＴ　（メタルスラッグ３より）
24. ＴＨＥ　ＭＩＬＩＴＡＲＹ　ＳＹＳＴＥＭ　（操作説明、ランキング）　（メタルスラッグ３より）
25. ＢＡＲＲＡＣＫＳ　（キャラクターセレクト）　（メタルスラッグ３より）
26. 蒼海の牙　－Ｄｒ．モローの島－　（ＭＡＩＮ　ＴＨＥＭＥ　ＦＲＯＭ　ＭＥＴＡＬ　ＳＬＵＧ３）　（ステージ１）　（メタルスラッグ３より）
27. マリンダイバー　（ステージ１分岐ルート　～深海）　（メタルスラッグ３より）
28. ＴＨＥ　ＵＮＫＮＯＷＮ　ＷＯＲＬＤ　（ステージ１分岐ルート～核施設、ＵＦＯ内通路１）　（メタルスラッグ３より）
29. ＳＴＥＥＬ　ＢＥＡＳＴ　７ＢＥＡＴＳ　（ボステーマＡ）　（メタルスラッグ３より）
30. ＣＡＲＲＹ　ＯＵＴ　（ステージクリア）　（メタルスラッグ３より）
31. 真夜中の彷徨　（ステージ２）　（メタルスラッグ３より）
32. 魔の雪洞　（ステージ２分岐ルート　～氷の洞窟）　（メタルスラッグ３より）
33. ＭＥＴＡＭＯＲＰＨＯＳＩＳ　（ボステーマＢ）　（メタルスラッグ３より）
34. 浅い海　（ステージ３）　（メタルスラッグ３より）
35. ハード海中　（ステージ３分岐ルート　～地下水路）　（メタルスラッグ３より）
36. ＡＳＳＡＵＬＴ　ＴＨＥＭＥ　（ステージ３分岐ルート　～橋、ステージ　５－２）　（メタルスラッグ３より）
37. ひみつ工場　（ステージ３分岐ルート　～兵器工場）　（メタルスラッグ３より）
38. 砂漠　（ステージ４）　（メタルスラッグ３より）
39. ピラミッド　（ステージ４分岐ルート　～ピラミッド）　（メタルスラッグ３より）
40. ＴＨＥ　ＣＥＮＯＴＡＰＨ　（ステージ４分岐ルート　～遺跡）　（メタルスラッグ３より）
41. 日本兵　（ステージ４分岐ルート　～旧正規軍アジト）　（メタルスラッグ３より）
42. 空へ　（ステージ５－１）　（メタルスラッグ３より）
43. ＴＨＥ　ＫＩＤＮＡＰＰＩＮＧ　（宇宙人出現）　（メタルスラッグ３より）
44. 宇宙へ　（宇宙空間）　（メタルスラッグ３より）
45. ＫＩＳＳ　ＩＮ　ＴＨＥ　ＤＡＲＫ　（敵ＵＦＯ内部）　（メタルスラッグ３より）
46. ＦＩＲＳＴ　ＣＯＮＴＡＣＴ　（ＵＦＯ内通路２）　（メタルスラッグ３より）
47. ＢＩＯＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ　（ＵＦＯ内通路３）　（メタルスラッグ３より）
48. ＥＳＣＡＰＥ　（ＵＦＯ脱出）　（メタルスラッグ３より）
49. ＦＩＮＡＬ　ＡＴＴＡＣＫ　（最終ボス）　（メタルスラッグ３より）
50. ＥＮＤ　ＴＩＴＬＥ　（最終演出～スタッフロール）　（メタルスラッグ３より）
51. ＧＲＡＶＥＳＴＯＮＥ　（ゲームオーバー）　（メタルスラッグ３より）

Disk2

1. ＮＥＯＧＥＯ　ＳＯＵＮＤ　ＬＯＧＯ　（ＮＥＯＧＥＯ版）
2. ＣＲＥＤＩＴ
3. ＴＨＥ　ＭＩＬＩＴＡＲＹ　ＳＹＳＴＥＭ　（操作説明、ランキング）
4. ＢＡＲＲＡＣＫＳ　（キャラクターセレクト）
5. 蒼海の牙　－Ｄｒ．モローの島－　（ＭＡＩＮ　ＴＨＥＭＥ　ＦＲＯＭ　ＭＥＴＡＬ　ＳＬＵＧ３）　（ステージ１）
6. マリンダイバー　（ステージ１分岐ルート　～深海）
7. ＴＨＥ　ＵＮＫＮＯＷＮ　ＷＯＲＬＤ　（ステージ１分岐ルート　～核施設、ＵＦＯ内通路１）
8. ＳＴＥＥＬ　ＢＥＡＳＴ　７ＢＥＡＴＳ　（ボステーマＡ）
9. ＣＡＲＲＹ　ＯＵＴ　（ステージクリア）
10. 真夜中の彷徨　（ステージ２）
11. 魔の雪洞　（ステージ２分岐ルート　～氷の洞窟）
12. ＭＥＴＡＭＯＲＰＨＯＳＩＳ　（ボステーマＢ）
13. 浅い海　（ステージ３）
14. ハード海中　（ステージ３分岐ルート　～地下水路）
15. ＡＳＳＡＵＬＴ　ＴＨＥＭＥ　（ステージ３分岐ルート　～橋、ステージ　５－２）
16. ひみつ工場　（ステージ３分岐ルート　～兵器工場）
17. 砂漠　（ステージ４）
18. ピラミッド　（ステージ４分岐ルート　～ピラミッド）
19. ＴＨＥ　ＣＥＮＯＴＡＰＨ　（ステージ４分岐ルート　～遺跡）
20. 日本兵　（ステージ４分岐ルート　～旧正規軍アジト）
21. 空へ　（ステージ５－１）
22. ＴＨＥ　ＫＩＤＮＡＰＰＩＮＧ　（宇宙人出現）
23. 宇宙へ　（宇宙空間）
24. ＫＩＳＳ　ＩＮ　ＴＨＥ　ＤＡＲＫ　（敵ＵＦＯ内部）
25. ＦＩＲＳＴ　ＣＯＮＴＡＣＴ　（ＵＦＯ内通路２）
26. ＢＩＯＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ　（ＵＦＯ内通路３）
27. ＥＳＣＡＰＥ　（ＵＦＯ脱出）
28. ＦＩＮＡＬ　ＡＴＴＡＣＫ　（最終ボス）
29. ＥＮＤ　ＴＩＴＬＥ　（最終演出～スタッフロール）
30. ＧＲＡＶＥＳＴＯＮＥ　（ゲームオーバー）